Razón tienes, pero con un par de "peros".
Principalmente, el ego es un problema en muchos sitios, y en internet no se ponen las cosas más fáciles, precisamente porque el anonimato de los usuarios y la distancia que pone el medio hace que la gente se envalentone y diga cosas a otros que jamás diría a la cara (sin necesidad de temer un ataque físico). Hay gente que para destacar (e inflar su ego) tiene que rebajar a otros.
Yo creo que Spanish.se sí es en general un stack mucho más amable que algunos de sus stacks "primos". A la lista que propones yo añadiría el stack de Sci.Fi. No entiendo cómo en un stack en que se dedican a preguntar sobre Harry Potter y porqué no se le rompen los pantalones al increíble Hulk cuando se transforma lleguen a ser tan abusivos a veces con la gente que anda un poco despistada.
Yo creo que aquí sí que hemos invertido bastante esfuerzo en concienciar a la comunidad (que creo que ya es maja y con ganas de ayudar de por sí) de no ser demasiado ariscos con la gente que anda perdida por ser nuevos. Mira la "Lista de comentarios útiles para el sitio" .
Sobre el caso particular que apuntas u otros parecidos, un par de cosas:
Asume buena fe. Internet no es un medio fácil para transmitir ciertas cosas (El investigador Albert Mehrabian descompuso en porcentajes el impacto de un mensaje: 7% es verbal, 38% vocal (tono, matices y otras características) y un 55% señales y gestos. Los emoticonos son pobres sustitutos de la comunicación no verbal). Quizá en algunos comentarios la gente no transmite bien que se están riendo con alguien en lugar de de alguien. Y por la falta de cuidado de uno al redactar y por un malentendido de la otra parte, pues parece lo que no es.
No dudes en llamar la atención de los moderadores sobre algo así, para que lo investiguemos. También puedes poner tu propio comentario para dejar que aquél usuario que piensas que está insultando, se explique un poco más. Te recomiendo encarecidamente si haces esto que dejes que la gente "salve la cara", y en lugar de llegar y señalar con el dedo o arrinconarlos de forma agresiva por groseros dejes caer graciosamente un "Pon un emoticono para que se sepa que es broma" o algo similar.